A sikeres gyökérkezelés fontos feltétele a gyökércsatorna optimális fertőtlenítése, feltágítása és obturációja. A fogat körülvevő parodontális szöveteket mindeközben a lehető legkevesebb irritáció vagy károsodás érheti. Éppen ezért a gyökértömés végződése a foramen physiologicum, illetve a foramen minor, illetve az apikális szűkület területére esik. A cement-dentin határ a legtöbbször a csatorna legszűkebb területén található, itt megy át a pulpa is a desmodontális szövetekbe. A gyökérkezelés során a megmunkálás hossza, a kémiai tisztítás, valamint a gyökértömés sem lehet rövid.